В начале Великой Отечественной войны Вильгельм Адольфович Шаак занимал пост заведующего кафедрой факультетской хирургической клиники, а также руководил хирургическим отделением больницы имени Эрисмана. Как профессор-хирург, он был сразу привлечен к работе по обслуживанию Северного, а затем и Ленинградского фронтов, кроме этого работал консультантом в нескольких Военных госпиталях Ленинграда. До апреля 1942 года Шаак интенсивно трудился в осажденном городе.

8 апреля вместе с частью сотрудников и студентов Первого медицинского Шаак эвакуировался на Кавказ вместе с женой и её матерью. Прибыв в Кисловодск в мае 1942 года, он организует работу филиала
1 ЛМИ, и уже в июне начинаются занятия. Шаак преподает и работает в Военном Госпитале Кисловодска и санатории «10 лет Октября». В августе 1942 года налаженная работа прерывается: немцы занимают Северный Кавказ и Кисловодск. Шаак вместе с семьей был вынужден остаться в городе вместе с другими пожилыми профессорами из-за болезненного состояния и возраста не мог следовать пешком.

Когда в город вошли нацистские войска Шаак В.А. был вызван в Гестапо для регистрации, так как носил немецкую фамилию (хотя родился в г. Митава (Латвия), а вырос и воспитывался
в Санкт-Петербурге). Несмотря на противодействия фашистских властей, Шааку удалось частично восстановить работу института с оставшимися студентами и уберечь их от высылки на принудительные работы. Есть предположение, что вместе со своим заместителем Ш.Д. Галустяном он помогал сотрудникам и студентам с еврейскими фамилиями. Чтобы спасти от преследований, им выдавали паспорта с армянскими фамилиями.

За несколько дней до того, как Кисловодск заняла Красная армия, 3 января 1943 года, машина из Гестапо вывезла Шаака с семьей из города. Затем эшелоном его доставили в Верхнюю Силезию, в лагерь Бирау,
где продержали в бараках около двух месяцев. Позднее его направили на работу в городскую больницу Потсдама, а затем перевели в Берлин.

С приближением русского фронта к Берлину, он сознательно остался в городе, фактически проведя 2 недели
в подвале. В июне 1945 года новым демократическим антифашистским Магистратом Берлина Шаак был назначен заведующим хирургического отделения городской больницы Фридрихсхаин. С июля 1945 года,
не теряя надежду вернуться на Родину, профессор отправляет неоднократные обращения в военные Комиссариаты и директору 1 ЛМИ Озерецкому Н.И. с просьбами о содействии его возвращению в Ленинград. Ему удалось вернуться только в апреле 1946 года.
После возвращения его тщательно проверяли в фильтрационном лагере НКВД и вскоре освободили, не запретив даже проживание в городе.

К сожалению, работать в родном институте, которому Шаак посвятил более 30 лет, не представлялось возможным, и до последних дней жизни он оставался сотрудником Рентгенологического института.